Перепелиные яйца в лоток инкубатора укладывают вертикально, тупым концом вверх, в шахматном порядке. В лотки, рассчитанные на куриное яйцо, перепелиные яйца можно уложить в два ряда, а накануне вывода переложить в выводковые лотки.
После заполнения лотка яйца желательно продезинфицировать. Самым доступным методом является обработка бытовым ультрафиолетовым излучателем в течение 5-8 мин. c расстояния 40 см.